Первое: С 2021 года льготой по НДС смогут воспользоваться только те компании, кто оформил включение своих ПО и баз данных в официальный единый реестр российских программ для ЭВМ и баз данных.

Второе: С 2021 года импорт прав на зарубежное ПО на основании договора отчуждения исключительных прав или лицензионного договора больше НЕ является основанием для освобождения от НДС.

Пример ситуации: Российская компания приобретает права пользования по лицензионному договору на некую программу для ЭВМ у иностранной компании. Осуществляются лицензионные платежи из российской компании правообладателю - иностранной компании. На основании ст.148 НК РФ место реализации определяется по месту регистрации покупателя. Местом данной реализации считается территория РФ, т.к. покупатель - российская компания. Платежи по лицензионному договору в 2020 году – не облагаются НДС (на основании старой версии пп.26, п.2 ст.149 НК РФ), а с 2021 года – будут подлежать налогообложению. Налогоплательщиком по НДС в этом примере является продавец (иностранная компания). Обязанность по уплате НДС возлагается на российского покупателя, как налогового агента (ст.161 НК РФ).  Таким образом, российская компании при перечислении лицензионных платежей должна будет одновременно уплачивать соответствующий НДС.

Если в описанном примере российским покупателем будет физическое лицо, то НДС не уплачивается, так как гражданин без статуса ИП не признается налоговым агентом (ст. 24 НК РФ).